えーと、更新しました。
今度は大丈夫だと思います。
私もMagicSave3.5を導入しましたが、
書き込みの通り56hずれなかったため（うーん・・・）、
Readme.txtの方に思いついた計算方法を書きましたので目を通して下さい。
（よくよく考えれば多分それが一番単純かつ正確だと思う）
動作のおかしいところがありましたら書き込み下さい。
コメントにありました守備適性が0で表示されるというのは、
COMの守備起用ロジックが有効になったままなのだと思います。
私が試した限りではそうなったので。
パワプロの挿入できない問題については、
個々のPCに関する問題の可能性が高いのですが、
もしかしたらMAIN_PRG.BINのファイルサイズが変わってしまったとかありえます。
バイナリエディタでデフォルト状態のMAIN～と書き換えた後のMAIN～を比較してみて下さい。
サイズはバイト単位でぴったり同じでしょうか？
他の原因としては、ISOが上書き不可・・・読み取り専用になっているとか。
ISOをプロパティで見てみて下さい。